たとえばライブラリのパス

php_value include_path ".:./lib:/opt/local/lib/php"

php.ini等で設定されているパスに追加ではなく上書きになるので、必要ならそれも追加する。

php.iniが正しく読み込まれてないため、拡張が無効になっている場合がある。php.iniを読み込んだ場所はphpinfo()のLoaded Configuration Fileに表示されるので確認する。読み込まれていない場合は以下のを確認

* httpd.confに書かれた PHPIniDir にphp.iniを置く。 * 上で駄目なときは、Apacheのディレクトリに置いてみる。 * 環境変数PHPRC を作成し、php.ini のあるディレクトリを指定してみる。 * それでも駄目なときはphpinfo();でConfiguration File (php.ini) Pathの場所を調べて（win32では、おそらくC:\WINDOWS）そこに置いてみる

http://php.net/manual/ja/configuration.file.php

レジストリは弄らない方がいいだろう。