config.json等の適当な名前でファイルを作成

{
  "undef": true,          // 未定義の変数を警告
  "trailing": true,       // 行末に空白があれば警告
  "predef": ["console"]   // 未定義変数のチェックから除外（除外するグローバルオブジェクトを指定する）
}

configオプションで指定する

$ jshint hoge.js --config config.json